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Encuentran multitud de variantes de coronavirus en EE. UU.

Encuentran multitud de variantes de coronavirus en EE. UU.

Los esfuerzos de secuenciación intensificados están ayudando a identificar mutaciones que podrían impulsar la transmisión o ayudar al virus a evadir las respuestas inmunes.

Para los científicos que han pasado el año pasado estudiando detenidamente cientos de miles de genomas de coronavirus, Estados Unidos ha sido un enigma. A pesar de tener una infraestructura de secuenciación del genoma líder en el mundo y experimentar más infecciones por COVID que cualquier otro país, Estados Unidos se ha quedado muy atrás hasta hace poco en la secuenciación de genomas de coronavirus y la detección de variantes preocupantes, informa Naure.

Pero en las últimas semanas, investigadores estadounidenses han identificado una serie de nuevas variantes, incluso en California, el estado de Nueva York, Luisiana y otros lugares. Y continúan aumentando los esfuerzos de secuenciación del SARS-CoV-2.

Eso ha traído otro desafío: dar sentido a las variantes que se descubren. Llevan mutaciones potencialmente preocupantes y podrían estar volviéndose más comunes, pero la escasez de datos sobre cómo se propagan las variantes significa que la amenaza que representan no está clara.

"Es el salvaje oeste", dice Jeremy Kamil, virólogo de la Universidad Estatal de Luisiana en Shreveport, quien codirigió un equipo que, el mes pasado, detectó una variante de rápido crecimiento en Luisiana, Nuevo México y otros lugares. En ausencia de datos claros sobre el comportamiento de una variante, "es como si hubiera una política no oficial de que cada variante es una preocupación hasta que se demuestre lo contrario", dice Kamil.

Parte del desafío es la naturaleza descentralizada de los esfuerzos de secuenciación y vigilancia del coronavirus de EE. UU. “En este momento, son los laboratorios individuales o los estados o las ciudades quienes están haciendo su parte”, dice David Ho, virólogo de la Universidad de Columbia en la ciudad de Nueva York, cuyo equipo identificó la semana pasada una variante en la ciudad con una mutación que podría comprometer las respuestas inmunes. Como resultado de este esfuerzo fragmentado, estados como Nueva York, California y Washington han contribuido con miles de secuencias cada uno, mientras que otros como Iowa, Tennessee y New Hampshire han obtenido secuencias de muchos menos casos de COVID.

Ho y otros investigadores estadounidenses miran con envidia al Reino Unido, donde un esfuerzo de secuenciación a nivel nacional, que trabaja en estrecha colaboración con instituciones de salud pública, médicas y de investigación para dar sentido a las variantes, ha generado más de 300.000 genomas de coronavirus. Gracias a la granularidad fina de sus datos, el esfuerzo del Reino Unido mostró a fines de 2020 que la variante llamada B.1.1.7 claramente se extendió más rápido que las cepas circulantes que luego desplazaría; investigaciones posteriores han sugerido que B.1.1.7 podría ser más mortífero pero no compromete las vacunas.

"No creo que tengamos nada de eso", dice Ho. Espera que los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU. Y el Centro para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC), las agencias federales responsables de la investigación biomédica y la salud pública, "hagan que el país se mueva de una manera más concertada". Un esfuerzo liderado por el CDC lanzado en noviembre tiene como objetivo secuenciar alrededor de 7,000 muestras por semana, una meta que se cumplió por primera vez a fines de febrero, y finalmente 25,000.

Mutaciones preocupantes

En ausencia de datos epidemiológicos o médicos claros, los científicos pueden evaluar algunas de las amenazas potenciales de una variante por las mutaciones que porta. Los investigadores han elaborado una lista cada vez mayor de mutaciones que podrían impulsar la transmisión o ayudar a un virus a evadir las respuestas inmunitarias, basándose en estudios epidemiológicos y de laboratorio.

La variante que el equipo de Ho identificó en Nueva York, también conocida como B.1.526, lleva una notoria mutación llamada E484K que se ha encontrado en variantes identificadas en Sudáfrica y Brasil. Los estudios realizados por varios laboratorios han demostrado que el cambio de E484K, que se encuentra en una parte de la proteína de pico de coronavirus que reconoce las células huésped, debilita la potencia de los anticuerpos que normalmente pueden desactivar el virus. Eso podría ayudar a explicar las observaciones de que variantes similares en Sudáfrica y Brasil están detrás de los casos de reinfección y reducción de la eficacia de la vacuna en los ensayos de campo.

Ho admite que B.1.526 necesita mucho más estudio. Aún no se ha demostrado que eluda las respuestas inmunitarias y su aparente aumento de frecuencia puede no estar relacionado con ninguna propiedad biológica. “Han sido necesarios meses para que la variante del Reino Unido [B.1.1.7] demuestre ser más transmisible y más virulenta. Creo que tendríamos que hacer lo mismo ”, dice.

Variantes más raras

Los esfuerzos de secuenciación reforzados en los EE. UU. Están generando variantes con mutaciones nuevas o raramente vistas que son más difíciles de entender. Kamil se asoció con investigadores en Nuevo México porque también habían observado un aumento en el número de casos causados ​​por una variante, a la que llamaron Pelican, con una mutación que no habían visto antes. Identificaron varias otras variantes en los datos de secuenciación de EE. UU. Que conllevaban un cambio similar. (Todos recibieron apodos de aves, incluidos Robin, Yellowhammer y Mockingbird).

"Es demasiado pronto para decir con confianza científica que se trata de una mutación particularmente preocupante", dijo.

La semana pasada, investigadores en California levantaron una bandera roja sobre las variantes encontradas allí que llevan una mutación de proteína de pico llamada L452R1. Un equipo de la Universidad de California en San Francisco (UCSF) descubrió que una variante con la mutación estaba aumentando rápidamente en un vecindario de la ciudad, desde estar presente en el 16% de las muestras secuenciadas en noviembre a más de la mitad a mediados de enero. Otro equipo de UCSF encontró, en pruebas de laboratorio, que una variante con la mutación L452R era más infecciosa y menos susceptible a los anticuerpos, según informes de los medios.

Si bien los investigadores intentan dar sentido a las variantes estadounidenses recién descubiertas, los esfuerzos redoblados de secuenciación también están generando más casos relacionados con variantes globales de interés. Hasta ahora, los investigadores en los EE. UU. Han descubierto solo un puñado de casos relacionados con variantes de evasión inmunológica identificadas en Sudáfrica y Brasil. Pero los casos de la variante B.1.1.7 identificados en el Reino Unido están aumentando constantemente, un patrón que se repite en otros países de Europa y Oriente Medio.

Cual de estas variantes predominará es una incógnita, dicen los investigadores, pero a medida que aumenta la vacunación, las variantes susceptibles como B.1.1.7 podrían disminuir, mientras que aquellas que pueden evadir parcialmente la inmunidad podrían provocar brotes regionales. “No creo que vayamos a tener años de 'variantes de Nueva York' y 'variantes de California'", dice Barrett. Averiguar lo que está sucediendo dependerá no solo de secuenciar más muestras, sino también de desarrollar la capacidad para comprenderlas. "Estados Unidos debe hacer un mejor trabajo en este sentido", dijo Ho. EA (Foto: Pixabay)